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正常人體各部位存在著大量的微生物（如皮膚、口、咽部、陰道和結腸等），這些微生物在宿主細胞上定居、生長和繁殖的現象稱為“定植”，定植的細菌稱為“正常菌種”，正常菌種對保持人體生態平衡和內環境的穩定有重要作用。許多因素諸如宿主患病、醫療措施影響、外來菌侵襲及抗菌藥物使用等會造成：
（1）菌群失調，患者常表現腹瀉、結腸炎、嚴重者致二重感染；
（2）定位轉移，正常菌群可自原有部位轉移到其他部位引起感染；
（3）內源性感染，又稱“自身感染”或“機會感染”。
以上問題在宿主免疫功能缺陷時常見。 微生物的致病性是相對的，一種致病菌如數量少可不致病；一種非致病菌數量多時可能致病。致病微生物引起感染時只要消滅致病體就可以達到治愈的目的；而正常菌群所致內源性感染時，不可能消滅菌群，應采取措施調整菌群。
人體不同部位的正常菌群：
皮膚：葡萄球菌屬、八疊球菌、類白喉桿菌、綠膿桿菌、坐瘡丙酸桿菌、厭氧G+球菌、青霉菌等。
腸道（空腸末、回腸、結腸）：大腸桿菌、產氣桿菌、變形桿菌屬、綠膿桿菌、葡萄球菌屬、八疊球菌、腸球菌、產氣莢膜桿菌、類桿菌屬、雙歧桿菌、真桿菌屬、棱桿菌屬、消化球菌、消化鏈球菌、白念珠菌、埃可病毒、腺病毒等。
前尿道：表面葡萄球菌、非致病抗酸桿菌、腸球菌屬。
陰道：乳桿菌、類白喉桿菌、大腸桿菌、類桿菌屬、腸球菌屬、奈瑟球菌屬、厭氧球菌屬等。
每種感染均有特異的病原微生物，稱致病菌。臨床上泌尿生殖器感染常見的致病菌包括：金黃葡萄球菌、溶血性鏈球菌、淋球菌、假單胞菌屬（綠膿桿菌等）、白喉桿菌、大腸桿菌、結核桿菌、支原體屬、衣原體屬、各種病毒、各種真菌、滴蟲等。
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